Todo estaba listo para el triunfal regreso de Rubén Omar Romano al Atlas, y con el regreso, también llegó el momento para olvidar los rencores que se suscitaron entre el técnico y los dirigentes rojinegros hace ya algunos torneos.
Lo cierto, es que el argentino le ganó la partida a varios técnicos que se perfilaban para agarrar las riendas de los ‘Zorros’, como en su momento fue Jesús Ramírez.
El ex entrenador del Santos de Torreón dirigirá al Atlas por segunda ocasión, después de que tomará el timón de los Rojinegros en el Apertura 2006, aunque su estadía sólo le diera para permanecer poco más de un año y después abandonar el equipo de sus amores por falta de resultados y ser relevado por Tomás Boy.
En el primer torneo que dirigió a los Rojinegros, Romano consiguió llevar al equipo hasta los Cuartos de Final, en donde cayó derrotado por las Águilas del América con global de 6-4, aunque el futbol que desarrolló el equipo tapatío en ese torneo hizo recordar sus mejores tiempos cuando Ricardo Lavolpe estaba al frente. Para el siguiente torneo, el Clausura 2007, Romano logró meterse a la Liguilla por la puerta trasera, es decir, después de vencer a Monarcas Morelia en el Repechaje y luego caer en Cuartos de Final, de nueva cuenta ante el América.
Finalmente para el torneo de Apertura 2007, los resultados no acompañaron al estratega argentino que tuvo que abandonar la institución tras la Jornada 8 en donde sólo había conseguido seis derrotas, dos empates y ninguna victoria.
Romano tuvo que pedir algunas disculpas entre algunos socios del club Zorro que en su primera etapa se mostraron en desacuerdo con su trabajo y a los cuales increpó, situación que lo orilló a pedir perdón antes de ser nombrado de nueva cuenta como estratega de Primera División.
